تولید کارآمد و سودآور موجودات آبزی بستگی به محیط مناسبی دارد که بتوانند در آن تکثیر و رشد کنند. ازآنجاییکه این موجودات در آب زندگی میکنند، نگرانی اصلی در هر سیستم پرورشی، کیفیت آب است. بستگی به سیستم پرورشی مورداستفاده، پارامترهای که باید پایش و کنترل شوند، متفاوت هستند. درجه حرارت آب، شوری، گازهای محلول، pH، قلیائیت، سختی، مواد معلق، توازن یونی، مواد مغذی ازجمله؛ نیترات و فسفات، متابولیت های سمی مانند سولفید هیدروژن، آمونیاک و نیتریت، شفافیت و رنگ آب، و شاخصهای آلودگی مانند BOD و ORPاز مهمترین فاکتورهای کیفی آب میباشند. یک مدیر مزرعه موفق باید محدوده بهینه و قابلتحمل پارامترهای کیفی آب برای گونههای پرورشی خود را بشناسد، از سطوح بحرانی هر پارامتر اطلاع داشته باشد و در صورت بروز مشکل، برای عملیاتی نمودن راهکارهای کنترلی هر عامل آماده باشد. انتخاب بهترین و مناسبترین روش بهبود کیفیت آب نیازمند داشتن اطلاعات از مشکل به وجود آمده در استخر و همچنین مزایا و معایب روشهای انتخابی برای کنترل کیفیت آب است.